Bên cạnh những tác động tích cực phát triển kinh tế biên giới thì hoạt động tạm nhập tái xuất đang bộc lộ nhiều bất cập, ngày 15/5/2018, Chính phủ ban hành Nghị định số 69/2018/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý ngoại thương, có quy định cụ thể về tạm nhập, tái xuất hàng hóa, trong đó cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm giám sát hàng tạm nhập, tái xuất cho tới khi tái xuất ra khỏi Việt Nam.