Nhiều doanh nghiệp Nhật Bản chưa tận dụng được các cơ hội hợp tác đối với mỗi hiệp định thương mại đã ký kết cùng Việt Nam. Vì bản thân doanh nghiệp chưa hiểu biết về lợi ích hợp tác và còn e ngại trước một vài khó khăn về cơ sở hạ tầng, cơ chế chính sách tại Việt Nam.