Dù đã có những con số nổi trội nhưng ngành tôm Việt Nam vẫn gặp nhiều thách thức như áp lực hạ giá thành sản xuất và giá xuất khẩu. Trong khi giá tôm trên thế giới đang có xu hướng giảm thì giá tôm của Việt Nam lại tăng. Năm 2015, giá tôm Việt Nam bán cao nhất trong nhóm 6 nước xuất khẩu tôm lớn nhất thế giới.