Trường hợp DN đã nộp thuế GTGT đối với hàng NK nhưng sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài trước ngày 1/7/2016 thì cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả số tiền thuế GTGT đã nộp tại khâu NK được xác định là tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.