Bên cạnh những thành tựu quan trọng mà khu vực kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài đóng góp vào nền kinh tế Việt Nam, những bất cập trong hoạt động của khu vực kinh tế này cũng tạo ra nhiều thách thức đối với quản lý nhà nước, trong đó có hoạt động kiểm soát chuyển giá tại các chi nhánh công ty đa quốc gia.