Hiện cơ cấu sản phẩm cà phê có giá trị gia tăng cao vẫn còn thấp, chỉ 7% cà phê Việt Nam được chế biến sâu, xuất khẩu cà phê nhân chiếm tỷ trọng lớn 93%.

Hoạt động kinh doanh của Trung Nguyên có 3 mảng chính gồm Kinh doanh - chế biến cà phê, bán lẻ và nhượng quyền thương hiệu (franchising).