Khó khăn lớn nhất trong xây dựng nông thôn mới của các địa phương là nguồn vốn cho xây dựng nông thôn mới rất eo hẹp thì tại nhiều địa phương còn diễn ra tình trạng phê duyệt các dự án vượt khả năng cân đối, dẫn đến nợ xây dựng cơ bản lên tới 16.736 tỷ đồng.