Từ tháng 4-2016, việc lấy mẫu hàng hóa kiểm tra chuyên ngành (KTCN) tại cảng Cát Lái được thực hiện theo quy chế phối hợp 3 bên: doanh nghiệp cảng, cơ quan kiểm tra chuyên ngành và cơ quan Hải quan.